Après les clones britannique, sud-africain et brésilien, un nouveau variant présentant « neuf mutations dans la région codant pour la protéine S mais également dans d’autres régions virales » vient d’être détecté en Bretagne. C’est ce qu’ont annoncé hier les autorités sanitaires, qui estiment, sur la base d’analyses génétiques et d’observations cliniques, qu’il apparaît « raisonnable de classer ce variant sous surveillance ».
Ce nouveau venu a été découvert lors de l’investigation d’un cluster nosocomial, formé au centre hospitalier de Lannion. « Le 13 mars, 79 cas ont été identifiés, dont 8 cas porteurs du variant, confirmés par séquençage », détaillent dans un communiqué commun Santé publique France et la DGS.
Risque d’échappement aux tests de diagnostic
En fait, si ce variant breton a été classé dans la catégorie VUI (variant under investigation) de l’OMS, c’est surtout, à ce stade, car il pourrait échapper aux tests de diagnostic actuels et ainsi « interférer avec la stratégie de dépistage et de contact tracing actuellement en vigueur », s’inquiète un DGS Urgent daté du 15 mars. Plusieurs patients du cluster présentant des symptômes très évocateurs d’une infection par le SARS-CoV-2 ont obtenu un résultat de test RT-PCR négatif sur des échantillons nasopharyngés, rapportent en effet les autorités sanitaires. Pour ces malades, « le diagnostic a pu être fait par la sérologie ou la réalisation de RT-PCR sur des prélèvements respiratoires profonds ».
Autre élément devant appeler à la prudence : un manque de données concernant la transmissibilité et la pathogénicité de ce clone breton. Pour le moment, les autorités sanitaires se veulent rassurantes. « Les premières analyses ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrues par rapport au virus historique » soulignent-elles, tout en précisant que ces caractéristiques doivent encore être confirmées par des investigations plus approfondies.
En outre, la capacité éventuelle de ce variant à échapper à l’immunité acquise lors d’une précédente infection ou grâce à la vaccination reste inconnue. Des « expérimentations » centrées sur cette problématique vont avoir lieu, promettent les autorités.
Des recommandations de prélèvement et de testing spécifiques pour la Bretagne
Quoi qu’il en soit, en attendant que les caractéristiques de ce nouveau variant se précisent, Santé publique France et les Centres nationaux de référence, en lien avec les laboratoires d’analyse, proposent « un système de détection et de surveillance des cas possibles d’infection ou de portage ». Un dispositif qui concerne pour le moment une zone géographique incluant une partie des départements des Côtes-d’Armor et du Finistère et « comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix ».
En pratique, pour les cas possible ou probable d’infection par ce variant breton tels que défini par Santé publique France, les modalités du dépistage changent légèrement. Compte tenu de la possible mise en défaut du diagnostic biologique sur les prélèvements naso-pharyngés, l’agence préconise la réalisation d’un test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé à J0 et J7, associé dans la mesure du possible à un test RT-PCR sur expectoration ou sur prélèvement profond. Concernant l’analyse des prélèvements proprement dite, il est désormais recommandé, dans la zone concernée, de ne plus utiliser les tests antigéniques et de privilégier en priorité la détection par RT-PCR.
Le DGS Urgent revient aussi sur les modalités de déclaration des cas de contamination par le variant breton dans l’outil contact-covid.
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