Covid-19 : une reprise de la circulation virale favorisée par un nouveau sous-variant

Bien qu’ils restent faibles, les indicateurs de surveillance nationale indiquent une légère hausse de cas de Covid à l’approche des grandes vacances d’été et des Jeux olympiques et paralympiques. Un constat illustré par « une circulation accrue du Sars-CoV-2 dans les eaux usées », l’identification de quelques clusters depuis le mois dernier dans des établissements de soins et une augmentation du recours à la médecine de ville et d’hôpital pour suspicion d’infection à Sars-CoV-2.

Selon Santé publique France (SPF), cette vague succède à d’autres observées « au printemps et en été depuis le début de la pandémie » et peut être aussi bien liée à la circulation de nouveaux variants qu’à une baisse de l’immunité individuelle. Dans sa dernière mise à jour de l’analyse des variants circulant actuellement dans le monde, SPF rapporte une majorité en France du variant JN.1 et la montée de KP.2, l’un de ses sous-lignages, plus transmissible mais qui ne semble pas plus dangereux.

Parallèlement, la Direction générale de la Santé (DGS) a annoncé pour le 28 juin 2024 l’arrêt du téléservice « Vaccin Covid » mis en place durant la pandémie pour suivre l’évolution des campagnes de vaccination en période épidémique. Le dispositif sera remplacé pour la nouvelle campagne de vaccination de l’automne 2024-2025 par de « nouvelles modalités de suivi des injections des vaccins Covid », a indiqué la DGS sans plus de précisions. Pour rappel, la campagne de rappel de printemps s’est achevée le 16 juin 2024 en métropole et Drom ; et Laboé-Si, le système de surveillance épidémiologique qui remplace désormais le SI-DEP, est en cours de déploiement.

Un impact sur le système de soins à évaluer dans les prochaines semaines

Dans le bilan à la semaine 24 publié le 19 juin 2024, SpF fait état « d’une reprise de la circulation virale dont l’impact sur le système de soins est à suivre dans les prochaines semaines ». Concernant les indicateurs virologiques, l’agence fait état, à la semaine 23, d’un taux de positivité de 21,9 % dans les laboratoires de ville et de 8,6 % dans les laboratoires hospitaliers ; la surveillance des eaux usées montre quant à elle une hausse de +49,3 % des indicateurs entre la semaine 23 et 24. Concernant les indicateurs syndromiques, la part de Covid-19 parmi les actes médicaux SOS Médecins est de 2,4 %, de 0,4 % parmi les passages aux urgences, et de 0,8 % parmi les hospitalisations après passage aux urgences.

Côté variant, c’est le JN.1 qui est majoritaire en France et à l’échelle mondiale, depuis fin 2023 déjà, avec un sous-lignage KP.2 qui « suscite des questions en raison de sa propagation rapide dans certains pays (dont la France) et de son profil génétique. Il semble avoir un gain d’échappement à l’immunité mais une diminution de son infectiosité, pouvant ainsi potentiellement limiter sa diffusion et sa gravité (données in vitro à confirmer par des études en vie réelle) ». Ainsi, la Food and Drug Administration (FDA) et l’Agence européenne du médicament (EMA) ont recommandé « d’adapter les vaccins à JN.1 pour les campagnes de vaccination 2024-2025 ».

L’agence indique donc que « dans ce contexte de circulation du Sars-CoV-2, l’adoption systématique des gestes barrières par tous est essentielle, notamment le port du masque en cas de symptômes, dans les lieux fréquentés et en présence de personnes fragiles ».