Lors de son audition par la commission du Sénat "Evaluation politiques publiques face aux pandémies", le Pr Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique s'est montré particulièrement combatif. Pour savoir ce qu'est cette institution mise en place le 11 mars en pleine crise épidémique, "purement transitoire" et qui devait même s'arrêter fin juillet, Jean-François Delfraissy a bien insisté sur ce qu'elle n'est pas, à savoir ni une instance de décision, ni une nouvelle agence sanitaire et surtout pas aux ordres du pouvoir politique ("Nous ne somes pas des énarques!"). Et surtout il a balayé l'idée d'un troisième pouvoir médical évoqué par les médias selon lui. "Ce comité a été construit pour éclairer, et en aucune façon pour décider." Surtout il a bien dissocié le travail du conseil scientifique de celui du "barnum scientifique" auxquel se livraient les autres scientifiques et médecins sur les plateaux de télévision. Toujours dans le même registre de défense, Jean-François Delfraissy a rappelé la liberté d'expression des médecins ainsi que le mode collégial du Conseil scientifique pour formuler des avis bien réfléchis sur le modèle des RCP.
Il a tout de même aussi lâché quelques concessions. Premièrement les décisions du conseil ont été prises en fonction de l'évolution des connaissances de la science et de la médecine ("on apprend en marchant"). Ensuite il a exprimé des regrets sur les Ehpad "beaucoup moins médicalisés qu'on ne le pensait" et avec une prise en charge insatisfaisante : "On ne doit pas recommencer en cas de nouvelle vague ce qu'il s'est passé dans les Ehpad", a-t-il insisté. Enfin, concernant le caractère atypique de la mission du conseil scientifique, Jean-François Delfraissy a reconnu entre les lignes les manquements des pouvoirs publics et sanitaires : "Notre mission de santé publique française n'était pas prête à une réponse à ce type de crise qui fut sans précédent !"
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