Nouveau variant britannique : l’inquiétude grandit, Santé publique France enquête

« En milieu de semaine on saura quelle est la taille de l'ennemi et là il faudra prendre les mesures appropriées », expliquait l’épidémiologiste Arnaud Fontanet, sur RMC/BFM-TV, dans la matinée du 11 janvier. Interrogé sur le variant « VOC 202012/01 », probablement à l’origine d’une flambée épidémique au Royaume-Uni, le membre du Conseil scientifique a évoqué une « menace très sérieuse ».

Face à l’émergence de plusieurs clusters liés au nouveau variant, l’inquiétude grandit. Une enquête nationale a été lancée le 8 janvier, sous l'égide de Santé publique France (SPF) avec le Centre national de référence (CNR) sur les virus des infections respiratoires des Hospices civils de Lyon et la nouvelle agence ANRS Maladies infectieuses émergentes.

Cette étude doit permettre de faire une « première cartographie » de ce variant, en analysant tous les tests positifs de jeudi et vendredi derniers avec une technique de PCR réagissant au nouveau variant, a détaillé Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à SPF.

Deux cas confirmés à Lille « dans le milieu professionnel médical »

Des initiatives localisées sont également lancées pour tenter d’évaluer le niveau de circulation du nouveau variant sur le territoire et surtout le contenir par la détection précoce et l’isolement des cas. En région parisienne, une opération de dépistage massif s'est tenue samedi à Bagneux où un animateur scolaire avait été détecté positif au variant la veille.

À Marseille, où un cluster familial d’au moins huit cas liés au nouveau variant a été identifié, une équipe de 40 marins-pompiers réalise depuis samedi des « tests de surface » aux adresses des cas identifiés, a indiqué le maire de la ville, Benoît Payan, lors d’un point presse le 10 janvier.

Un de ces immeubles « a révélé des traces de Covid dans l'environnement. Par précaution, nous avons pratiqué des tests sur les 30 résidents de l'immeuble. Les résultats sont en cours mais deux personnes de l'immeuble sont positives au Covid-19 et ont été invitées à s'isoler », poursuit l’édile qui estime la situation virale « inquiétante » dans sa ville.

À Lille, deux cas liés au nouveau variant, datant de fin décembre, ont également été confirmés, dimanche, par l’Agence régionale de Santé (ARS) des Hauts-de-France. Survenus « dans le milieu professionnel médical », ces cas sont « clos sur le plan du suivi épidémiologique », a indiqué le Directeur général de l'ARS des Hauts-de-France, Benoît Vallet. Les résultats du séquençage d’autres cas suspects sont attendus.

Une opération de dépistage massif, programmée depuis décembre et lancée aujourd’hui à Roubaix, « permettra d'avoir une étude précise sur ce qu'est la diffusion ou pas du variant anglais sur notre territoire », a estimé le secrétaire d'État Laurent Pietraszewski (retraites et santé au travail), en visitant l'un des six centres ouverts pour l’opération de 6 jours. Tous les échantillons positifs seront envoyés au CHU de Lille « pour un premier screening qui donnera un résultat dans la journée » puis au laboratoire du Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) à Évry pour un séquençage.

SPF rappelle les conduites à tenir

Dans un document adressé aux professionnels de santé le 31 décembre, SPF indiquait les conduites à tenir pour la détection et l’investigation des cas suspects ou confirmés du nouveau variant VOC 202012/01 UK.

Les cas possibles (tests positifs et voyage au Royaume-Uni ou contact à risque avec un voyageur, dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes ou la date du diagnostic) doivent faire l’objet d’une investigation. Un diagnostic par test antigénique doit être suivi d’une RT-PCR dans un laboratoire afin que « le matériel biologique puisse ensuite être transmis pour séquençage », indique SPF. Après un diagnostic par RT-PCR, « le reliquat de matériel biologique est adressé par le laboratoire au CNR avec la fiche d’accompagnement ».

Un cas probable, soit un cas dont le résultat de RT-PCR (kit ThermoFisher avec 3 cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N < 28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S, doit être immédiatement signalé au CNR (laboratoire de l’Institut Pasteur ou laboratoire de Lyon, selon le découpage géographique habituel).

Enfin, tout cas confirmé hors laboratoire des CNR doit faire l’objet d’une information immédiate de celui dont il dépend afin de centraliser les données concernant ces cas, est-il noté.