Chaque année, 9,6 millions de personnes développent une tuberculose active et 1,5 million en meurt. On sait aussi qu’un tiers de la population mondiale est actuellement infectée par le bacille tuberculeux, et que 10 % d’entre eux développeront une tuberculose active au cours de leur vie, soit 3 % de la population mondiale (240 millions de personnes).
Or, le diagnostic de la tuberculose pulmonaire et la surveillance de la réponse au traitement demeurent difficiles. Les tests les plus fiables sont réalisés sur des prélèvements de crachats, difficiles à obtenir chez l’adulte après amélioration symptomatique ou impossible à obtenir chez l’enfant, et doivent parfois être effectués sur aspiration de lavages gastriques.
L’équipe du Dr Purvesh Katri (Université de Stanford en Californie) a développé un test diagnostique sanguin de la tuberculose active qui repose sur l’expression de 3 gènes.
En effet, confronté à une infection, l’hôte déclenche une réponse associée à des changements d’expression de centaines de gènes dans le sang. L’équipe a donc comparé les expressions génomiques observées dans les échantillons sanguins des patients ayant une tuberculose active, avec celles observées chez les personnes en bonne santé, ou ayant une tuberculose latente ou une autre maladie.
Analyse de 14 bases de données
La force de leur travail repose sur l’analyse de 14 bases de données publiques, couvrant 10 pays et contenant 2 572 échantillons de patients aussi bien adultes que pédiatriques.
Dans un premier temps, l’analyse de 3 bases de données (n = 1 023) a permis de découvrir un groupe de 3 gènes (GBP5, DUSP3, KLF2) à fort pouvoir diagnostique pour la tuberculose active. Puis, ils ont validé ce groupe de 3 gènes dans les 11 autres bases de données (n = 1345).
Il est à noter que ces 3 gènes sont connus pour jouer un rôle dans la régulation immune et la réponse à l’infection.
Ce test basé sur 3 gènes remplit plusieurs critères décrits récemment par l’OMS pour un nouveau test diagnostique « idéal » : il repose sur un échantillon sanguin et non sur un crachat ; son pouvoir diagnostique n’est pas affecté par une co-infection VIH, ni par la résistance bactérienne ; il ne donne pas de faux positif en cas de tuberculose latente, ou de vaccination BCG antérieure.
Chez l’enfant, le test a une sensibilité de 86 % (résultat positif chez 86 % des enfants avec TB active), bien supérieure à la sensibilité de 66 % ciblée par l’OMS pour un test « idéal », et une spécificité de 99 % (sur 100 tests négatifs, un faux négatif).
Par ailleurs, il pourrait être réalisé à faible coût sur le lieu des soins dans les pays en voie de développement, avec des instruments PCR à énergie solaire.
Autre avantage mis en évidence par les chercheurs, le test mesure la sévérité de la maladie et se normalise à la fin du traitement. Il pourrait donc être utilisé pour surveiller la réponse au traitement.
Sur le terrain dans 3 ans
« Nous espérons pouvoir valider prospectivement ce test en clinique d’ici un ou deux ans, et l’introduire sur le terrain dans les 3 prochaines années », confie au Quotidien le Dr Katri (Université de Stanford en Californie), principal auteur de l’étude publiée dans la revue « The Lancet Respiratory Medicine ».
« Notre prochain pas est de valider notre signature dans une autre cohorte au Brésil, en collaboration avec le Dr ason Andrews (Université de Stanford). Puis, notre objectif sera d’examiner si notre signature peut servir de biomarqueur dans les essais cliniques. Notre analyse sur les échantillons longitudinaux des patients tuberculeux actifs durant le traitement montre que notre signature pourrait potentiellement être utile pour surveiller la réponse thérapeutique », conclut-il.
The Lancet Respiratory Medicine, 19 février 2016, T. Sweeney et coll.
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