Grâce au séquençage de nouvelle génération, il est possible de mettre en évidence des variations génétiques des papillomavirus, qui sont associées à leur potentiel carcinogène. Dans le cadre d’un travail collaboratif international, les génomes entiers de plus de 10 000 HPV à haut risque ont été séquencés. Ceci a permis de mettre en évidence, au niveau nucléotidique, des sous-types d’HPV 16 fortement associés à des lésions histologiques de grade élevé. Ces données confirment que la carcinogénicité des papillomavirus à haut risque dépend de certaines variations génétiques.