« LE CONCEPT qu’une petite molécule puisse n’avoir qu’une protéine cible n’est pas défendable», explique le Pr Jeffrey Skolnick, biologiste au Georgia Institute of Technology. Autrement dit, les effets secondaires des médicaments seraient intrinsèquement inévitables.
C’est en comparant la surface de protéines naturelles et de protéines modélisées par ordinateur que le chercheur et son collaborateur Mu Gao se sont aperçus que le nombre de sites de liaison, ou « poches », est incroyablement restreint. Au total, il n’existerait pas plus de 500 configurations possibles. « Notre étude suggère un rationnel à la raison pour laquelle de nombreux médicaments ont des effets secondaires, explique le Pr Skolnick. La probabilité d’avoir une géométrie en acides aminés capable de se lier au même ligand est bien plus élevée que ce qu’on a pu penser ».
« On peut observer les mêmes poches sur une même protéine, les mêmes poches sur des protéines similaires et les mêmes poches sur des protéines complètement différentes sans aucun lien sur le plan évolutif, précise le biologiste Skolnick. Et des poches totalement différentes entre des protéines relativement proches sur le plan évolutif ». Pour les chercheurs, « ce bruit de fond biochimique » a des implications pour la recherche thérapeutique. « Nous ne serons jamais capables d’éviter les effets secondaires inattendus. Mais nous serons capables dans une certaine mesure de minimiser les plus indésirables ».
PNAS, publié en ligne le 20/05/13
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