Ils sont une dizaine sur les cent généralistes chefs de cliniques maîtres de stage en France à ne pas avoir touché leurs indemnités de MSU depuis 2011. Une université a en effet arrêté de les rémunérer il y a 6 ans, suivie par une seconde faculté depuis un an. Cette pratique est qualifiée d'"illégale" par le syndicat de jeunes généralistes ReAGJIR, qui craint que d'autres universités prennent la même direction.