De nombreuses recherches portent sur la compréhension du lien entre la dysbiose et l’inflammation chronique, toutes deux présentes dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). « Nous avons maintenant des données expérimentales et humaines qui montrent que ces deux éléments sont liés. L’inflammation chronique intestinale permet la mise en place des conditions d’une dysbiose particulière et une dysbiose permet d’entretenir les conditions d’une inflammation chronique. Il y a ainsi une sorte de spirale d’auto-entretien entre l’une et l’autre », explique le Pr Philippe Seksik (Hôpital Saint-Antoine, Paris). Pour certains patients, le déréglement immunitaire (inflammation) est le primum movens et pour d’autres, cela sera le déséquilibre du microbiote.
On connait aujourd’hui mieux la dysbiose, dite spécifique, des MICI sans qu’on ait encore de biomarqueurs. Serait-ce plus un problème de fonctions que de représentation de bactéries ?
Une dysbiose aussi fonctionnelle
Le microbiote intestinal des sujets atteints de MICI diffère beaucoup de celui des sujets sains dans sa composition mais aussi dans sa fonction, avec par exemple une perte de la biodiversité et de la capacité de protection anti-inflammatoire. « La biodiversité est un facteur protecteur : plus on perd en biodiversité et moins les fonctions de protection du microbiote intestinal par rapport à l’environnement peuvent être réalisées » souligne le Pr Philippe Seksik.
Cette notion de dysbiose fonctionnelle est très importante et de nombreuses études portent ainsi sur l’analyse des métabolites produits par les bactéries : acides gras à courte chaine, triméthylamine-N-oxyde (TMAO), acides biliaires, métabolisme du tryptophane, molécules du dialogue interbactérien… « L’espoir est d’arriver à trouver au sein de ces métabolites des biomarqueurs pronostiques, diagnostiques et de suivi. »
De nouvelles pistes thérapeutiques
« Rétablir l’eubiose c’est-à-dire avoir, pour un patient, un microbiote équilibré dans sa composition et ses métabolites est un des objectifs… Pour l’instant, cet objectif n’est pas encore spécifiquement atteint, déclare le Pr Philippe Seksik. Actuellement, on peut utiliser des probiotiques. Ils ont montré un effet réel mais modeste, équivalent à celui d’un traitement par 5-ASA, dans la rectocolite hémorragique (RCH) ».
Des probiotiques de nouvelle génération, mis au point à partir de la dysbiose des MICI et destinés à apporter des bactéries aux effets anti-inflammatoires, comme par exemple Faecalibacterium prausnitzii, sont actuellement en développement. Une autre piste consisterait à apporter directement les métabolites (métabiotique).
« Un traitement plus écologique qui agirait sur le microbiote intestinal serait intéressant chez certains patients (femmes enceintes , malades fragiles co-morbides, agés…) qui pourraient ainsi faire une pause dans l’utilisation des biothérapies », précise le Pr Philippe Seksik.
Enfin, la transplantation de microbiote fécal, a montré une efficacité dans l’infection récidivante à Clostridium difficile et commence à montrer ses effets dans les MICI, notamment dans la RCH. Le premier essai randomisé dans la maladie de Crohn a été réalisé à l’hôpital Saint-Antoine et donne de l’espoir aux patients et médecins.
Cependant, de nombreuses questions restent à résoudre, notamment en ce qui concerne les éventuels effets secondaires dus à la transmission d’agents pathogènes ou autres… On s’oriente vers une sélection de donneurs sains, bien identifiés ou au contraire, vers un pool de donneurs. « Mais, même si cela marche, il faut s’acharner à trouver des alternatives à ce traitement pragmatique mais non calibré ».
D'après un entretien avec le Pr Philippe Seksik, Hôpital Saint-Antoine, Paris
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