L'équipe coordonnée par le Pr Vincent Thibault, virologue au CHU de Rennes, a recherché avec succès des génomes viraux respiratoires sur des mouchoirs recueillis pendant un an en collectivité (crèche, école) et auprès de volontaires individuels. Un brevet a été déposé avant l'élargissement à plus grande échelle. Les résultats sont publiés dans « Emerging Infectious Diseases ».
Ce professeur à l'Université de Rennes et chercheur à l'Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), à l'origine du projet depuis 2018, est un admirateur des exploits de la police scientifique, est-il rapporté dans un communiqué de l'université.
« Si aujourd'hui les enquêteurs parviennent à détecter des fragments d'ADN sur des prélèvements vieux de plusieurs années, pourquoi ne serait-il pas possible de déceler des génomes de virus respiratoires sur des mouchoirs usagés, vieux de quelques jours ? », explique-t-il. Ce qui lui a donné l'idée de tirer profit des progrès des analyses automatisées de biologie moléculaire, maintenant d'usage courant.
Une double approche méthodologique
Pour tester la faisabilité de cette méthode, le médecin-chercheur a commencé par expérimenter une approche collective, à partir de mouchoirs recueillis chaque semaine dans la crèche du CHU de Rennes et en école primaire sur de longues durées (un an pour la crèche).
Résultat : le suivi, semaine par semaine, de la circulation des principaux virus respiratoires chez les enfants a permis de détecter très précocement l'épidémie de grippe, puisque le virus est apparu dans cette crèche en 2019 six semaines avant le pic en France métropolitaine.
Devant le succès de cette approche collective, l'équipe a recruté 30 volontaires atteints de symptômes respiratoires variés pour vérifier la sensibilité de la détection de manière individuelle. Sur 22 mouchoirs utilisables, deux s'étaient révélés négatifs. Depuis les tests continuent, sur plus de 50 tests réalisés à la mi-avril 2023, l'équipe n'a relevé que trois négatifs.
La fiabilité de la méthode a également été éprouvée en sélectionnant 15 de ces volontaires atteints par le Sars-CoV-2. Chacune de ces personnes avait été testée positive par la méthode standard : écouvillonnage nasopharyngé puis analyse par RT-PCR. Et un de leurs mouchoirs usagés du jour a été testé : le Sars-CoV-2 a été retrouvé chez 100 % d'entre eux, et pour deux tiers, de manière plus tranchée que par la RT-PCR (moins de cycles nécessaires à la machine de diagnostic pour détecter le génome viral).
Des tests PCR sur mouchoirs
À noter que les mouchoirs testés avaient été pour certains envoyés par courrier, conservés plusieurs jours et jusqu'à six mois à température ambiante : le génome viral y était resté détectable.
Ces résultats très prometteurs restent à confirmer par d'autres études sur des populations plus larges. Déjà, d'autres équipes confirment la faisabilité générale de l'approche. Ces résultats ouvrent la voie à un dépistage simplifié des virus respiratoires sur mouchoirs, aussi fiable et plus pratique et confortable que par écouvillonnage, en particulier pour les enfants. « Mon souhait est que cette étude et mon procédé permettent de réduire la consommation d’antibiotiques dans la population générale », espère le virologue.
G. Lagathu et al, Emerg Infect Dis, 2023. doi:10.3201/eid2903.221416
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